Správa toků – oblast povodí Dyje spravuje drobné vodní toky v povodí řeky Dyje. Celkem se jedná o 4 956 km drobných vodních toků na území zejména Jihomoravského kraje a Vysočiny. Dále částečně kraje Olomouckého, Hradeckého, Pardubického a Jihočeského. Na spravovaném území se nachází CHKO Pálava, Moravský kras, Žďárské vrchy a v neposlední řadě jedna z nejcennějších lokalit ČR, a to území na soutoku řek Moravy a Dyje.

Sídlem Správy toků – oblast povodí Dyje je historická budova, která byla součástí zámeckého areálu v Náměšti nad Oslavou. V rámci územní působnosti bylo zřízeno i 5 dalších detašovaných pracovišť, a to v Bučovicích, Černé Hoře, Třebíči, Českém Rudolci a Rousměrově. Celkově na Správě toků působí 23 pracovníků.

Hlavní náplní činnosti je zejména:

• realizace akcí podporujících zadržení vody v krajině
• komplexní příprava a zajišťování úprav koryt vodních toků, hrazení bystřin a realizace protipovodňových opatření (inženýrská a investorská činnost)
• odstraňování povodňových škod
• péče o břehové porosty
• revitalizace vodních toků
• sledování a péče o stav koryt vodních toků a vodních děl (pravidelné prohlídky vodních toků), včetně dalších povinností vyplývajících ze zákona č. 254/2001 Sb.  o vodách
• vyjadřovací činnost a vydávání odborných stanovisek
• další činnosti (realizace programu Lesy pro život, akce Lesní pedagogiky atd.)

Opatření na vodních tocích ve správě LČR jsou financována z vlastních zdrojů LČR a z dotačních prostředků. Z dotací se jedná o opatření prováděná ve veřejném zájmu prostřednictvím § 35 lesního zákona, programy MZe – „Prevence před povodněmi“ , „Odstranění následků povodní na státním vodohospodářském majetku“ a „Podpora opatření na drobných vodních tocích a malých vodních nádržích“, programy EU – např. OP ŽP a PRV, případně dotace krajských úřadů na projektové dokumentace a studie odtokových poměrů.